La Mutuelle Familiale organise toute l'année des ateliers de prévention santé pour familles et seniors. Elle propose aussi des programmes de prévention au travail pour les salariés des entreprises adhérentes.
Pionnière dans la prévention en santé environnementale, La Mutuelle Familiale est partenaire du Réseau Environnement Santé, de Générations Futures, Générations Cobayes. Elle organise des ateliers de sensibilisation sur les perturbateurs endocriniens, pour que chacun soit acteur de sa santé. Par ailleurs, La Mutuelle Familiale milite pour la reconnaissance et la prévention des maladies professionnelles liées aux polluants.
En 2016, La Mutuelle Familiale a créé sa Fondation dédiée à la santé environnementale, sous égide de la Fondation de l'Avenir. Elle projette ainsi de soutenir la recherche appliquée et de contribuer à la prise de conscience collective.